《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(法释[2004]14号)(以下简称《解释》)规定了建设工程施工合同被认定无效后的几种处理方式：
(一)参照合同约定支付工程价款
根据规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
这里要充分注意，只是“参照合同约定支付工程价款”，而非“按照”合同约定支付工程价款。也就是说支付的工程款不一定是实现约定的那个金额，也没有以工程定额为标准，通过鉴定确定建设工程价值的补偿原则。在这里，司法解释制定者是采用“折价补偿”的方式处理无效合同的。
(二)承包人承担修复费用
根据《解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格，但是修复后的建设工程经竣工验收合格的，发包人请求承包人承担修复费用的，法院应予支持。
(三)不予支付工程款
根据《解释》规定，如果建设工程施工的建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
(四)发包人按照过错承担相应的民事责任
根据《解释》规定，因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(五)收缴当事人已经取得的非法所得
根据《解释》规定，在承包人非法转包、违法分包建设工程或者没有资质的实际施工人借用有资质的建设工程施工企业名义与他人签订建设工程施工合同，导致建设工程施工合同无效的，人民法院可以根据民法通则第一百三十四条规定，收缴当事人已经取得的非法所得。
(六)施工中取得资质的，按照有效合同处理
在超越资质等级的建设工程施工合同无效的场合下，如果承包人签约之时超越资质等级许可的业务范围签订建设工程施工合同，但是在建设工程竣工前取得相应资质等级，当事人请求按照无效合同处理的，法院不予支持。
根据《合同法》，无效合同自始没有法律约束力，不能产生当事人预期的法律后果。根据我国合同法的规定，无效合同的法律后果之一是返还财产，恢复原状。但由于建设工程施工合同履行结果的特殊性，往往是承包方已经通过施工建设使得建筑材料已经形成在建工程或者甚至是竣工的建设工程了。因此建设工程施工合同无效的情况下，返还财产不太可能性，因此《解释》规定了相对灵活的解决方案，实质上突破了《合同法》对无效合同的一般性处理规定。
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