建设工程结算纠纷最常见的成因从建设工程结算纠纷的法院判决或仲裁裁决中比较容易发现，在这些建设工程结算纠纷的司法文书中，其成因表现为争议“案由”。司法文书中的案由形形色色，但行内人士一眼就看出，这些司法案由只是表面成因，但归纳这些外在的司法案由，可以让我们透过现象看本质发掘出建设工程结算纠纷的真正诱因。
根据多年来由法院房产庭(改革后称民三庭)受理的建设工程合同纠纷案分类，导致以结算纠纷表现出来的建设工程纠纷主要有如下几种具体案由：
(一)工程量之争。土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方(发包方、承包方与监理公司)签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
(二)计费系数之争。该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。
(三)大型机械租赁费用的计费之争。许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。
(四)赶工奖之争。建设工程承包合同一般规定如果由于施工单位的赶工而提前完成，发包方应该按日给予一定的赶工奖，有些项目的赶工奖总量并不小。笔者在处理广州市人民路某大厦的结算纠纷时就发现赶工奖高达1000多万元。而该项目总造价人民币一亿六千万元，最后形成纷争的也只有1300万元。赶工奖所以成为结算障碍主要原因是赶工奖的单边认定程序造成。赶工奖一般由施工单位提出申请，而由发包方层层审批，最后拨付。这一过程完全由发包方内部操作，审批的表格文件施工单位并不持有。而赶工奖支付后，发包方同样会要求施工单位开具工程款发票(便于核算、摊销成本)。有时发包方不够诚信，事后又将这些赶工奖计入合同款，而施工单位因为没有赶工奖的内部审批表格(最多只有复印件)而无法向法庭举证。
(五)竣工决算时间之争。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程“竣工”。“竣工”这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。但笔者发现许多发包方或者过分谨慎或者出于其他难以言表的目的引进商品房买卖领域的“竣工”概念，添加了“项目验收”或“综合验收”的内涵。众所周知，商品房买卖合同中的房地产“竣工”是一个法律概念，比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。例如土建工程的工程内容只包括外围框架工程，但商品房买卖合同中，哪怕最低要求的“竣工”，除外围框架结构外，还必须包括内装修、即水电到户与设计间隔等，如果使用综合验收的标准就更复杂了，除上述要求外，还包括小区配置及消防验收。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整个工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告。因为“决算不成熟”，当然也就可以堂而皇之地拒付工程款了。
(六)显失公平之争。这只是个别案例，有时发包方与承包方在建设工程承包合同中约定了一个比市场更高一点的工程款(个中原因彼此心照)，但建设期间发包方负责人更换，对早先的内幕交易并不知情或者知情也装糊涂，新的负责人等待工程竣工后，对承包方的决算报告合理地质疑决算偏高。笔者在处理某国营企业的消防工程款纠纷时，发现某消防公司提交的工程决算价连笔者这个非专业人士都认为偏高，发包方的聪明才智更是勿庸置疑。后来法院指定的中介机构重新审核，果然核算价比决算价低40%(建设工程款只允许5%的偏差)。
建设工程结算纠纷可以说是牵一发而动全身的敏感话题，因为工程款的结算对发包方、承包方的利益都有巨大的影响。从发包方角度来讲，将影响到房地产工程的移交、综合验收的组织，继而影响到商品房的交楼日期及因此与购房户的预售契约纠纷;从承包方的角度来讲，会影响到总承包商与分包商的结算、承包方与材料供应商的材料款结算、承包商与建筑工人的工资结算等。我们必须给予清楚的认识。
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